En 1875, siendo presidente Avellaneda, se nombra una comisión formada por el Coronel Luis María Campos y los doctores Biedma y Eduardo Wilde para constituir el Hospital Militar y levantar los planos correspondientes.

En 1884, bajo la dirección de los doctores Damianovich, Nallo y Torino y durante la presidencia del Gral. Roca se encara la construcción del Hospital Militar en los terrenos situados en Pozos y Caseros.

El Hospital fue finalmente inaugurado durante la presidencia de Juárez Celman en 1889 y tuvo su Bautismo de Fuego un año después, recibiendo los heridos de los Hospitales de Sangre de Plaza Libertad y del Retiro, bajo la organización y dirección de los doctores Fernando Sotuyo, Alberto Evita y Pacífico Díaz.

Para la época, se denominaba Hospital de Sangre a los hospitales de emergencia donde los médicos del Ejército atendían sus heridos y que se disolvían luego de cada campaña.

En 1940, durante la presidencia de Roberto Ortiz, se transforma en Hospital Nacional Central para Enfermos Tuberculosos, bajo la dirección del Dr. Antonio Cetrángolo.

Entre 1968 y 1969 alberga la estructura administrativa de la Encuesta Nacional de Salud. Luego de estar abandonado durante un tiempo, el edificio es rescatado de la demolición, pasando a ser la sede del CENARESO.

El CENARESO (Centro Nacional de Reeducación Social) se crea el 30 de Abril de 1973 por la Ley N° 20.332, con el objeto de brindar asistencia integral a la problemática de las adicciones y desarrollar tareas de investigación y capacitación en la temática. La institución se crea originalmente en el ámbito del Ministerio de Bienestar Social de la Nación. El 12 de diciembre de 1996, se aprueba su estructura organizativa mediante la Decisión Administrativa 433, como organismo descentralizado del Ministerio de Salud de la Nación.

El proyecto de la institución como centro especializado para toxicómanos, profesionalizado, interdisciplinario y gratuito fue la primera experiencia a nivel nacional. Comenzó a gestarse según lineamientos de organismos internacionales, que reunían la experiencia de países que ya habían comenzado a intervenir con la problemática de las toxicomanías. Dichos organismos recomendaban la creación de instituciones especializadas para toxicómanos, no incluyéndolas en hospitales generales ni en hospitales psiquiátricos y proponiendo un abordaje interdisciplinario.

En sus inicios la modalidad de atención fue exclusivamente de orden político y sociocultural contribuyeron a producir marcados cambios institucionales, aunque cada época fue dejando su impronta.

Dentro de este paradigma fundacional signado por un momento histórico donde la palabra estuvo amenazada y donde la producción de saberes en el campo de las ciencias sociales estuvo suspendida, apenas se pudo replicar el modelo biopsicosocial de la reeducación. En el momento de su creación, predominaba la corriente anti-psiquiátrica que imperaba en la época, movimiento generado en Inglaterra, y cuya influencia se evidenciaba en un lenguaje proveniente del campo de lo social. Se hablaba de asistidos y no de pacientes, de legajo en lugar de historia clínica, se prestaba especial cuidado al orden y la limpieza, se cuidaba el régimen disciplinario con la concepción de que lo legal debía venir desde afuera. El personal que prestaba servicios en la Institución también estaba rigurosamente atravesado por esta Ley.

Desde la década del ochenta hasta principios de los noventa, el auge de las Comunidades Terapéuticas se expande y sus prácticas ingresan en la institución. Si bien algunas de éstas no pudieron ser asimiladas, otras en cambio persisten siendo visibles hoy en el eje de lo socio terapéutico. A mediados de los ochenta con la irrupción del HIV y el pase de la Institución al ámbito de Salud, se redimensiona lo médico y sus prácticas específicas. Paulatinamente, se incorporan las prestaciones de Clínica Médica, Laboratorio de Análisis Clínicos, Odontología y Farmacia.

Por otra parte se enfatiza la cuestión legal con la sanción de la Ley N° 23.737 "Tenencia y tráfico de estupefacientes", que incrimina la tenencia para uso personal, apareciendo la figura de medida de seguridad curativa que implica derivaciones compulsivas a tratamiento.

A partir de 1994, se reformula internamente el modelo de atención, ya no se trata únicamente del paciente que inicia y finaliza un tratamiento en un único servicio, evolucionando por fases progresivas, sino que se establece un recorrido propio donde se articula el "para todos" del tratamiento con lo singular y único de cada sujeto. Este recorrido resalta la complejidad del espacio y de la tarea que se lleva adelante en este hospital.

En el año 2012, por medio de una Resolución del Ministerio de Salud de la Nación, se ordena la intervención general de la institución disponiendo en sus consideraciones una nueva misión para la organización. El decreto se inscribe en el marco de las políticas públicas nacionales en Salud Mental de los organismos descentralizados del Ministerio de Salud de la Nación y la Ley Nacional de Salud Mental N° 26.657 (2010) "con el objetivo de asegurar el derecho a la protección de la salud mental y el pleno goce de los derechos humanos de las personas con padecimiento mental que se encuentren en el territorio nacional".

A principios de 2016, se prorroga la intervención de la institución a través de una nueva resolución ministerial. A mediados de ese año se modifica la denominación de la institución para pasar a llamarse: Hospital Nacional en Red Especializado en Salud Mental y Adicciones "Licenciada Laura Bonaparte" (Ley 27.267, sancionada el 13/07/2016, promulgada el 19/08/2016 y publicada en el Boletín Oficial el 26/08/2016).

En 2019, por la Decisión Administrativa N° 213/19, publicada el 25 de marzo en el Boletín Oficial, se aprueba la estructura organizativa del Hospital Nacional en Red "Lic. Laura Bonaparte". La nueva estructura está detallada en los anexos de la normativa antes mencionada en la página del Boletín Oficial de la República Argentina.