Rafaela, al igual que la mayoría de la provincia de Santa Fe, se pobló a través de un sistema conocido como "colonización privada", un sistema impulsado por los incentivos de la Confederación Argentina que buscaban poblar la zona con agricultores europeos. Esto consistía en un sistema de venta realizado por una empresa colonizadora, que ofrecía a los productores agropecuarios la posibilidad de pagar las tierras concesionadas con lo obtenido de las cosechas. 
Estas tierras, pertenecientes a terratenientes de Buenos Aires, le fueron encargadas para la venta al empresario alemán Guillermo Lehmann. Es de este modo que nuestra ciudad se forma en el año 1881, tras la instalación de once familias de inmigrantes, mayoritariamente agricultores europeos provenientes de la región del Piamonte, Italia. Ese mismo año, ocho meses después, ya se habían vendido el 53% de las tierras.
En aquel entonces, Rafaela era una colonia. Desde su formación hasta el año 1885, la autoridad era un representante del Gobierno Provincial, conocido como Juez de Paz. 
Con la reunificación del Estado Nacional y el fin de la guerra civil, se extendieron las vías férreas. Rafaela pronto se convirtió en un nudo ferroviario, permitiendo acelerar el crecimiento de la población. Desde el 14 de julio de 1885, pasa a ser comuna, siendo sus intereses públicos administrados por una Comisión de Progreso, que al año siguiente cambió su nombre por Comisión de Fomento. La misma estuvo integrada por José María Podio, Carlos Bonazzola, Martín Martinetti, Calesancio Stoffel y por Manuel Giménez, quienes fueron designados por el Poder Ejecutivo Provincial. 

Ciudad de Rafaela

La tercera etapa comenzó a partir del 26 de enero de 1913, momento desde el cual se elevó a Rafaela a la categoría de ciudad. Fue declarada ciudad a través de un decreto del Gobierno de la Provincia, teniendo en cuenta las cifras del Censo Municipal de 1912, las cuales indicaban que contaba con 8.242 habitantes.
El gobernador santafesino Dr. Manuel Menchaca designó al primer intendente del distrito: Manuel Giménez, quien fuera miembro de la Comisión de Fomento hasta fines de 1912. 
El nuevo intendente era un Escribano Público de 49 años, descrito como un hombre inteligente y de práctico temperamento. Anteriormente, había ocupado cargos en el Comité Radical de Rafaela y pertenecía a la Logia Masónica "La Antorcha". Ocupó el cargo hasta el 26 de enero de 1915. 
Por su parte, la Comisión de Fomento pasó a cumplir el rol de Comisión Administradora, con el fin de organizar las elecciones para que la ciudadanía elija quienes integrarían el Concejo Deliberante. El lugar de Giménez en la Comisión, ahora investido en la figura de Intendente, fue ocupado por Eduardo Oliber. 
El 10 de septiembre de 1913 asumieron como concejales los Sres. Emilio Galassi, Carlos Mognaschi, Eduardo Chiarella, Antonio Cossettini y su presidente, Nicolás Gutiérrez.

Su crecimiento

El crecimiento de Rafaela fue similar al de las colonias vecinas en sus primeros años, pero a partir de 1890, nuestra ciudad se diferenció del resto. Por un lado, Rafaela se transformó en un nudo ferroviario, lo que le otorgó una importancia mayor a la de los pueblos vecinos. Por otro lado, el Gobierno de la Provincia estableció en Rafaela la Jefatura Política del departamento Castellanos, otorgando un mayor dinamismo administrativo en comparación con las localidades circundantes.
Además, la generación de instituciones que abarcaban ámbitos culturales, asociativos, comerciales, productivos, sindicales, educativos, financieros y deportivos llevaron adelante cambios sustanciales en la vida social. En este proceso no se puede dejar de mencionar la importancia que tuvo la masonería local. 
Es a partir de la Primera Guerra Mundial que la ciudad se transforma en el centro comercial e industrial de la región, al paso que supera en cantidad de población a las demás colonias más antiguas.