De los primeros chicos surgieron los primeros colaboradores, quienes, con el tiempo y también gracias a la ayuda del Papa Pío IX, se convirtieron en una congregación dedicada a la salvación de los jóvenes, luchando contra todas las formas de pobreza y tomando como propio el lema: "Dadme almas, quitadme todo lo demás".
En 1854, dirigiéndose al grupo de jóvenes, Don Bosco dijo: "Nuestra Señora quiere que fundemos una Sociedad. He decidido que nos llamaremos Salesianos. Pongámonos bajo la protección de San Francisco de Sales". Varios años después, en 1859, Don Bosco fundó la Congregación Salesiana.
San Juan Bosco dedicaría su vida a los jóvenes, escribiendo muchos libros, impulsando la creación de talleres, escuelas, oratorios y planteando un moderno sistema pedagógico para la formación de los niños y jóvenes sustentado en la educación de valores, de esfuerzo, trabajo y la familia y la construcción de obras educativas al servicio de la juventud más necesitada, especialmente en Europa y América Latina. El Sistema Preventivo, frente al sistema represivo tradicional.
El sistema resume la filosofía educativa de Juan Bosco en tres palabras: Razón, Religión y Amor. Para él era imposible educar a un joven por medio de la razón si no se lo ama, se entiende sus problemas y se lo apoya a resolverlos, con la ayuda y la iluminación de Dios. Este sistema único forma a una persona en cuerpo, corazón, mente y espíritu. Enfatizó firmemente que a los jóvenes se les debe enseñar a través de la paciencia y la empatía amorosa y no con intimidación o castigo.
El joven Domingo Savio es el primer fruto del Sistema Preventivo.
Este sistema es ahora conocido mundialmente y practicado por muchos institutos, colegios e Institutos de Educación Superior.
En 1872 cofundó, junto a Santa María Dominga Mazzarello, la Comunidad de las Hijas de María Auxiliadora. Una congregación que haría un trabajo similar al de San Juan Bosco, pero con mujeres.

Tales instituciones, dedicadas a la enseñanza de los niños pobres, se desarrollaron con rapidez gracias al impulso de uno de los grandes pedagogos del siglo XIX. Además de recibir una educación cristiana, los alumnos podían familiarizarse e instruirse en diversos oficios, razón por la que se vio en Don Bosco a uno de los precursores de la moderna formación profesional.
Con buenos y trabajadores laicos, hombres y mujeres comprometidos, creó los Cooperadores Salesianos para apoyar y sostener la obra de la educación de la juventud, anticipando así nuevas formas de apostolado en la Iglesia.
En 1875, enviaría misioneros a varias partes del mundo, con el propósito de trabajar por los pobres, los jóvenes y crear una sociedad más equitativa y cristiana. 
En 1883 la imprenta de Don Bosco era la mejor equipada de Turín. En 1884, en la "Exposición Nacional de Industria, Ciencia y Arte", Don Bosco tuvo a su disposición una galería especial en cuya entrada se leía en letras grandes la inscripción: "Don Bosco: fábrica de papel, tipografía, fundición, encuadernación y librería salesiana".

Fábrica de papel, encuadernación y biblioteca salesiana

Hasta principios de 1860, faltando todavía un cuarto de siglo para su muerte, había editado 204 volúmenes de una "Biblioteca Juvenil Italiana" (con textos en latín y griego), había abierto los primeros cinco colegios, fundado una congregación femenina, construido el Santuario de María Auxiliadora y la iglesia del Sacro Cuore en Roma, había fundado 64 casas salesianas en seis países y misiones en América Latina, y contaba con 768 salesianos. Había realizado viajes apostólicos triunfales a Francia y España, países donde todos querrán conocer al "hombre de fe" (título con el que se le conoce universalmente).
Los últimos años de Don Bosco no fueron fáciles. Con el paso del tiempo envejeció y tenía menos fuerzas, pero aun así encontró la manera para seguir con todas las actividades salesianas y continuó transmitiendo su misión y enseñanzas en escuelas técnicas, particulares y albergues juveniles.
A los 72 años, exhausto por el trabajo, el alma de Don Bosco pasó a estar con su Dios, el 31 de enero de 1888. Durante tres días, la ciudad piamontesa desfiló ante su capilla ardiente, a cuyo entierro acudieron más de trescientos mil fieles.
Su cuerpo descansa en la Basílica de María Auxiliadora en Turín. Su fiesta se celebra el día 31 de enero.