Rafaela cuenta con la planta de tratamiento cloacal más grande de la provincia, cuenta con 12 estaciones de rebombeo que ayudan a llegar el líquido que no puede venir por gravedad hacia la planta. También cuenta con tres módulos de tratamiento, el cual se trata unos 16.000m3 por día de liquido.
La planta cuenta con dos ingresos, sur y norte. El norte cuenta con rejas manuales para retirar los sólidos y desarenadores que decantan en la arena que viene por las cañerías. En cambio, el ingreso sur contiene una reja automática para retirado de los solidos, posteriormente una estación levadora se encarga de elevar el liquido que viene a unos 8 metros de profundidad que lo eleva a los desarenadores. Luego de los desarenadores el líquido ingresa a los sedimentos primarios en el cual se extraen los barros sedimentados y las grasas, luego el liquido ingresa a los lechos percoladores donde a traves de microorganismos fortalecen la depuración del liquido cloacal. Siguiendo de los lechos percoladores, están los sedimentadores secundarios que son esenciales para terminar de bajar la carga orgánica en el liquido. Y para finalizar, la cámara de contacto, sumado a la cloración permite eliminar diferentes tipo de virus y bacterias.
La planta cuenta con digestores donde se procesan los barros extraídos de los sedimentadores primarios que finalmente son depositados en la playa de secado para su deshidratación.