La institución fue creada en 1872 por el agrónomo Eduardo Olivera, egresado de la escuela de agricultura de Grignon, Francia. Olivera es considerado como el primer ingeniero agrónomo argentino.
El gran desarrollo que tuvo la actividad agropecuaria de fines de siglo en el país hizo crecer la demanda de profesionales capacitados y, por eso, se hizo necesaria la creación de instituciones que pudieran formarlos en la Argentina. Al mismo tiempo, se buscó profesionalizar la tarea de los veterinarios ya que, salvo los que habían estudiado en otros países, el resto eran vecinos formados en la experiencia cotidiana, que resolvían como podían los problemas relacionados con la salud de los animales.
Hasta 1887, que egresaron los primeros profesionales de Santa Catalina, la escuela se nutrió de profesores extranjeros, principalmente belgas y franceses, que marcaron el comienzo de la labor profesional en la Argentina.
En 1890 se trasladó todo a la ciudad de La Plata, donde empezó a funcionar la Facultad de Agronomía y Veterinaria. Durante años, cada 6 de agosto se celebraba la creación de la primera Escuela de Estudios Superiores de Veterinaria del país pero, en 1983, y mediante un decreto del Gobierno Nacional, se estableció el 6 de agosto como el Día del Veterinario Argentino.
Fueron varios los intentos de establecer otro día, ya que el 6 de agosto era compartido con los agrónomos, pero finalmente se decidió que ya que tenían el mismo motivo de celebración, compartieran la fecha.